Dopo aver selezionato questa opzione e inserito la password, si può avviare Synk come utente amministratore (o super utente "root"), in modo da poter aggirare qualunque limitazione sui permessi dei documenti. Durante l'esecuzione come super utente viene indicato il messaggio "AVVIO COME ROOT" in rosso nella parte in fondo a tutte le finestre di Synk.

ATTENZIONE: Si consiglia di utilizzare questa funzione soltanto quando strettamente necessaria, in quanto consente a Synk l'accesso totale a qualunque area del disco, incluse quelle protette di sistema. Se questa opzione viene utilizzata in maniera impropria, si corre il rischio di danneggiare il sistema e di essere quindi costretti a reinstallarlo completamente.

Nota: questa opzione si applica solo ai dischi locali. L'equivalente accesso totale a dischi e server remoti si ottiene solamente effettuando il login come amministratore "root" di quel disco o server.